Water
De Eemvallei is op dit moment nog niet goed voorbereid op extreme weersomstandigheden (te droog én te nat). De inrichting moet daarop aangepast worden. Ook zal de kwaliteit van oppervlakte- en grondwater moeten voldoen aan de Kaderrichtlijn Water. Om te zorgen voor voldoende drinkwater in de toekomst, ligt er voor de westkant van het gebied een opgave voor aanvulling van de grondwatervoorraad onder de Utrechtse Heuvelrug.
Verbeteren biodiversiteit
De biodiversiteit in het hele landelijk gebied zal moeten toenemen. Dit geldt zowel in de agrarische als wel in de natuurgebieden. Hiervoor kijken we met elkaar naar de opgaven vanuit Natuurnetwerk Nederland en groenblauwe dooradering en het verminderen van de stikstofuitstoot.
Minder broeikasgassen
Om het effect van klimaatverandering te beteugelen moeten we de uitstoot van broeikasgassen terugdringen. Er is werk te doen voor het terugbrengen van methaanuitstoot in de veehouderij en de uitstoot van broeikasgassen uit het veen.
Bodemdaling
Door een laag grondwaterpeil wordt veen blootgesteld aan de lucht, waardoor het oxideert. Door veenoxidatie komt CO2 vrij en daalt de bodem in de Eempolder ongeveer 2-4 mm per jaar. In sommige delen zelfs 4-6 mm per jaar. Daarmee is de bodemdaling minder dan in sommige polders in het westelijk veenweidegebied.